Přišel rok 1939 a s ním vznik protektorátu Čechy a Morava. Šest let okupace se odrazilo i v práci školy. Zpočátku nebyly pro žáky učebnice, protože stávající byly vyřazeny. Z učebnic, které byly povoleny, byly odstraněny pasáže o vzniku Československé republiky, o prezidentovi T. G. Masarykovi.

Od 3. ročníku byla zavedena povinná výuka němčiny. Všichni učitelé museli prokázat prohlášením nežidovský původ a doložit příslušné doklady. Ředitelé škol a později učitelé se museli podrobit zkoušce z jazyka německého. Nepohodlní učitelé byli penzionováni.

Okresnímu úřadu byly odevzdány busty a obrazy T. G. Masaryka, amerického prezidenta Wilsona, obrazy s bývalými výsostnými znaky ČSR, diagramy o rozloze a počtu obyvatelstva. Byly vyřazeny „závadné knihy“ z učitelské a žákovské knihovny. V roce 1941 bylo zastaveno půjčování knih a knihovny byly uzavřeny. Školní slavnosti se omezily na výročí vzniku Protektorátu, narozeniny Adolfa Hitlera, případně narozeniny prezidenta Dr. Emila Háchy.

Sbírky byly prováděny na chudé děti a Německý červený kříž. Děti sbíraly starý papír, hadry, kosti, železo, též šípky, kaštany a léčivé byliny. Povinností žáků bylo odevzdat 2 kg železa za měsíc. Tato aktivita se kontrolovala.

V roce 1945 bylo vyučování narušováno stále častěji. Na nejstarší budově se vyučovaly třídy živnostenských škol. Od března se v budovách ubytovávalo německé a maďarské vojsko, které ustupovalo ze Slovenska. Zároveň zde byly ubytovány jednotky zákopníků. Třídy byly zničeny, hodně pomůcek vzalo za své, bylo zničeno i hodně nábytku.

1. května 1945 bylo Staré Město osvobozeno. Do škol se nastěhovala rumunská a sovětská armáda. Žáci se už 9. května zúčastnili průvodu a tábora lidu v Uherském Hradišti, který byl uspořádán na oslavu vítězství. Vyučování opět začalo až 22. května 1945.

V průběhu války zahynulo několik žáků školy. Několik učitelů bylo zatčeno, mnozí se z věznic již nevrátili. Pamětní deska ve vestibulu budovy č.1000 připomíná jejich jména – Milan Beneš, Josef Kovařík, Antonín Pavlík, Josef Pečínka, Bohumil Zapletal.

Přes chmurné šestileté válečné období dochází na škole ve St. Městě k zajímavé události – ke vzniku cikánské třídy. V katastru Starého Města byl dosti rozlehlý cikánský tábor. Správa školy provedla soupis cikánských dětí a místní školní rada a obecní zastupitelstvo požádaly zemskou školní radu v Brně o povolení zvláštní třídy pro tyto děti. Vyučování bylo zahájeno 5. listopadu 1940. Třída byla připojena k obecné škole chlapecké. Byla umístěna v suterénní místnosti budovy měšťanské školy. Do třídy bylo přijato 20 žáků – 12 chlapců a 8 dívek ve věku od 6 do 13 let. Vyučovalo se 4 hodiny denně.

Třídním učitelem a zároveň vychovatelem se stal učitel Josef Brzický. Ten často navštěvoval cikánskou kolonii a všemožně se staral o pravidelnou docházku dětí, o získávání základního ošacení žáků. Děti se ve škole stravovaly a byly pod pravidelnou lékařskou kontrolou. Byla to nelehká práce, která ale přinášela výsledky. V prvním školním roce byla průměrná docházka dětí 83%. Pouze 3% zameškaných hodin nebylo omluveno. Na konci prvního roku bylo klasifikováno 18 žáků, 3 žáci měli prospěch výborný, 2 chvalitebný, 3 žáci prospěch dobrý, 6 dostatečný a 4 žáci neprospěli. V dalších letech se třída rozrostla na tři oddělení.

Po třech letech ale zprávy o cikánské třídě končí. Bylo to způsobeno odsunem celých rodin do koncentračních táborů. I když se jedná o krátký úsek v životě školy, přece jenom šlo o zajímavou událost, která neměla na celém Slovácku obdoby. Dobový tisk v článku Cikánská škola na Slovácku chválil: „Staroměstská cikánská škola je příkladem dobré vůle vesnického učitele a řídícího a tato dobrá vůle by měla zapůsobiti ve prospěch nejubožejších žáčků. Práce této školy bude oceněna, poněvadž Slovácko zbavuje zla a celku vychovává nové a užitečné lidi.“

Po válce školství procházelo řadou změn a reforem. V roce 1948 byla ve Starém Městě zřízena samostatná národní škola chlapecká, národní škola dívčí a na ně navazující střední škola, která byla školou smíšenou. V roce 1953 došlo k další reorganizaci. Vzniká osmiletá střední škola. Touto reformou definitivně zanikly školy dívčí a chlapecká. Na osmiletou střední školu navazovala jedenáctiletá střední škola, která jako samostatná škola vznikla ve Starém Městě v roce 1958. Ta se změnila na dvanáctiletou a v roce 1963 se oddělila od základní školy. Změnil se i název – střední všeobecně vzdělávací škola.

Základní škola se stala samostatným subjektem s novým názvem základní devítiletá škola. Za jejího trvání byla v roce 1978 postavena nová školní budova na Kopánkách. V budově nové dívčí školy č. 715 byly učebny SVVŠ, později detašované pracoviště uherskohradišťského gymnázia, krátce tam měla učebny i obchodní akademie a 1. ZŠ Uherské Hradiště. Na jaře 1995 byla zbourána nejstarší školní budova č.1. Zůstal z ní jen pískovcový kámen s datem 1887 s výše uvedeným nápisem. V tomtéž roce 1995 byla opravena a zrekonstruována budova č. 1000. Práce na zvelebování staroměstských škol pokračovaly a za necelé čtyři roky vstupovali žáci do nově opravené budovy č. 715.

Dnes chodí žáci do tří budov a píší se nové kapitoly staroměstského školství. Že byla škola vždy centrem dění obce, o tom svědčí i tento stručný pohled do historie. Nebylo události v obci, aby při ní škola stála bokem. Byly to události radostné a šťastné, ale i události smutné. Snad se pamětníkům vybaví vzpomínky, kdy byli sami žáky školy, usedali do jejích lavic, získávali nové znalosti, poznávali nové kamarády a přátele a budovali základy svých životních hodnot. Nic netrvá věčně. Ale pocit radosti, že dnešní žáci chodí do budov, kam chodili už jejich praprarodiče, může i v dnešním životním tempu okouzlit a potěšit.

Škola by měla být dílnou lidskosti. Uplatnění této myšlenky by mělo být úsilím učitelů, snahou žáků a ctí celé společnosti.